Sau khi tỉnh Kon Tum được chia tách và thành lập lại, một số công tác về lĩnh vực dân tộc như: Định canh định cư, kinh tế mới, được giao cho Sở Nông lâm tỉnh và Chi cục điều động lao động dân cư thuộc Sở Lao động đảm nhiệm.

Năm 1993, UBND tỉnh Kon Tum ban hành Quyết định số 72/QĐ-UB về việc thành lập Ban Dân tộc - Định canh định cư - Kinh tế mới trực thuộc UBND tỉnh Kon Tum. Ban Dân tộc - Định canh định cư - Kinh tế mới có chức năng, nhiệm vụ khảo sát, lập quy hoạch tổng thể và xây dựng kế hoạch hàng năm về công tác định canh định cư - kinh tế mới, lập dự án định canh định cư - Kinh tế mới, đồng thời tổ chức thực hiện có hiệu quả các dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Vận động đồng bào dân tộc thiểu số thực hiện định canh định cư ổn định sản xuất và nâng cao đời sống.

Đến năm 1996, UBND tỉnh Kon Tum sát nhập Ban Dân tộc - Định canh định cư - Kinh tế mới vào Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đồng thời tổ chức lại Ban Dân tộc - Định canh định cư - Kinh tế mới thành Chi cục Dân tộc Định canh định cư và Vùng kinh tế mới trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Kon Tum. Chức năng nhiệm vụ của cơ quan công tác dân tộc tỉnh Kon Tum thời kỳ này là quản lý nhà nước về lĩnh vực phân bố lao động, dân cư, phát triển vùng kinh tế mới, định canh định cư và thực hiện chính sách đối với đồng bào dân tộc thiểu số trên địa bàn tỉnh.

Năm 2000, Ban Dân tộc - Tôn giáo tỉnh Kon Tum được thành lập theo quyết định số 45/2000/QĐ-UB, ngày 18/12/2000 của UBND tỉnh Kon Tum. Theo đó chức năng, nhiệm vụ của Ban Dân tộc giai đoạn này là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, quản lý nhà nước đối với các hoạt động chính sách dân tộc và tôn giáo trên địa bàn tỉnh theo đúng Pháp luật và chính sách hiện hành của nhà nước.

Ngày 18/2/2004 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 53/2004/NĐ-CP về kiện toàn tổ chức bộ máy làm công tác dân tộc thuộc UBND các cấp, sau đó Uỷ ban Dân tộc và Bộ Nội vụ có Thông tư liên tịch số 246/2004/TTLT-UBDT-BNV ngày 06/5/2004 Hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức cơ quan chuyên môn giúp Uỷ ban nhân dân quản lý nhà nước về công tác dân tộc ở địa phương. Ngày 23/5/2005 UBND tỉnh Kon Tum đã ban hành Quyết định số 18/2005/QĐ-UBND về việc thành lập Ban Dân tộc tỉnh Kon Tum và ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Dân tộc như sau: Ban Dân tộc là cơ quan chuyên môn ngang Sở thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, có chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công tác dân tộc. Ban Dân tộc chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, thanh tra về chuyên môn, nghiệp vụ của Ủy ban Dân tộc.

Thực hiện Thông tư liên tịch số 04/2010/TTLT-UBDT-BNV ngày 17/9/2010 của Uỷ ban Dân tộc và Bộ Nội vụ Hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về công tác dân tộc thuộc Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện, ngày 06/10/2013, Ủy ban nhân dân tỉnh Kon Tum đã ban hành Quyết định số 42/2013/QĐ-UBND về việc ban hành quy định về tổ chức và hoạt động của Ban Dân tộc, qua đó hệ thống tổ chức bộ máy làm công tác dân tộc của tỉnh đã được kiện toàn góp phần tham mưu, đề xuất triển khai thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ công tác dân tộc trên địa bàn thu được những kết quả quan trọng.

Từ khi chia tách tỉnh năm 1991 đến nay, cơ quan công tác dân tộc tỉnh Kon Tum luôn nhận được sự quan tâm, chỉ đạo của Tỉnh uỷ, HĐND, UBND tỉnh. Qua các thời kỳ dù được gọi bằng tên gọi nào hoặc ghép với Sở, ngành nào nhưng chức năng, nhiệm vụ luôn được giao đúng, giao đủ, đảm bảo thực hiện tốt công tác quản lý nhà nước về dân tộc trên địa bàn tỉnh.